从舰队到达埃及水域并在阿布基尔湾抛锚停泊起，倒霉的布吕埃斯没有遇到过一件顺利的事：首先，他在错误的地方进行了组织得很糟糕的登陆行动；接着，在7月3r，贝尔蒂埃告诉他，拿破仑对于他“在法军进攻亚历山大时，没有封锁亚历山大新港，导致4艘巨大的埃及商船逃到海上，感到非常不满”。布吕埃斯没有接到任何命令让他离开阿布基尔海湾去拦截商船，再说，他必须在大风暴中维持庞大的舰队不被吹散，并将人员和装备尽快登陆。7月4r，拿破仑又命令布吕埃斯将舰队驶进亚历山大旧港，条件是“如果风力减弱，水深允许的话”。
由于拿破仑在战前没有认真收集研究地质水文资料，他不知道自己的舰队是否可能驶入这个重要的海港。他要求布吕埃斯测量水深，明确报告舰队能否进港，或是能否在阿布基尔海湾停泊并抵御敌舰的攻击，如果敌舰力量甚为强大，则将舰队撤至科孚海峡（据报告，纳尔逊的舰队实力和布吕埃斯的旗鼓相当，法国舰队载有1；287门火炮，英国舰队载有1；012门火炮，因此撤往科孚海峡的理由不充分）。
和以往一样，拿破仑下达命令时从不考虑别人如何执行，或是否有可能执行。用手工探测海港水道的水深确定又大又重的战舰是否能够通过，即使对最熟练的水手来说，也是个费时的工作。这工作往往需要数周的时间，而不是如拿破仑认为的那样只要一两天就能完成的。后来，拿破仑对布吕埃斯的命令改为舰队暂时停泊在阿布基尔，除非遇到实力甚为强大的敌舰队。
7月1r，开始混乱的登陆行动，7月3r，布吕埃斯给拿破仑送信，祝贺他攻占亚历山大，称之为“继续获得成功的令人愉快的先兆”。他告诉拿破仑虽然初步的探测结果“并不令人满意”，他将立即着手进行探测水深的工作（结果同样不令人满意）。但是，他提出，他的舰队不能继续停泊在阿布基尔湾，因为，如果“同等实力”的敌人海军舰队此时到达的话，他们“完全能够摧毁我们的整个舰队……如果我不幸仍然停泊在这里坐以待毙的话”。然后，他又自相矛盾地告诉拿破仑：“然而，目前我找不到别的地方，没有可供选择的锚位……离开你会使我感到不安，我没有别的希望，只希望至少能够对你们的行动有所支持。” 拿破仑没有对布吕埃斯的结论做任何变更。
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第八章 深渊（2）
布吕埃斯对自己的处境是清楚的：由于没有找到适当的水道使舰队进入较为安全的亚历山大港，他只能继续停泊在阿布基尔湾，直到舰上的货物卸完为止。虽然他也惧怕在那里遇上英国舰队的袭击，他却并不想离开拿破仑——因为那样会使整个法军处于没有海上保障和遇到意外情况失去海上退路的境地。他对拿破仑和法国军队的一片忠心老天可鉴。
当然，还有其他因素使布吕埃斯无法断定他在此停留的时间长短，包括将部队的人员、弹药、马匹、大炮以及成千辆战车全部卸下送上陆地所需要的时间以及补充舰队两个月航海的给养，如绳索、船帆、木料、新鲜食物和水所需要的时间，这些补给品是任何一支准备出海的舰队都不可缺少的。
海军拨款审查官若贝尔在7月9r给海军部长布律克斯发出的一份密报中指出，亚历山大港“缺乏海军停泊的条件，连最基本的设施都没有”，诸如g船坞、仓库和车间等，如果建立这些设施“至少需要一年时间”。他认为小船是否能进港都难说，何况大船！在这种情况下，“总的感觉是一旦完成登陆，我们必须立即驶往科孚海峡，因为英国人离这里不远，任何时候都可能出现。”他还说，“布吕埃斯的决定完全与此不同……其结果造成了这里浓厚的宿命论气氛，甚至使我的原则也发生了些微动摇。”
早在7月6r，布吕埃斯的第一份正式勘测报告就说明整个亚历山大港“是无法使用的，充其量是危险的海港”。布吕埃斯将这个结果报告了拿破仑，并附带说：“相信我，将军，我最大的愿望是支持你的军事行动。”拿破仑当天向督政府做了报告：“这个结论完全打乱了我的计划。”但在他次月给督政府的报告中却称他已经命令布吕埃斯在24小时内驶入亚历山大海港（这是他掩盖证据而虚构的谎言）。
在亚历山大和拨款审查官若贝尔度过了几天时间之后，布吕埃斯回到了阿布基尔湾。由于水浅和暗礁的原因，他仍然将他的舰队一字排开，停泊在离海岸4英里的开阔海面上；因此，岸上的防御设施，包括阿布基尔要塞上的8门加农炮、和阿布基尔岛上的臼炮对舰队都无法起到有效的保护作用。布吕埃斯打算在7月为舰队获取新鲜食物和淡水的计划也完全不可能实现。 因为
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