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第四十九章系统生物(1/1)

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不同的氨基酸对应的密码子是另一层次的选择性表达,这与其本身的性质相关,也与组合的模式出现相关,但这是基于矩阵的本征,等电点,ph值等等是其中的变量,其比例是本征

有效率,在不同的层次使得整体耦合,如红细胞的寿命是有限的,但其有多层次的分布函数的耦合,如新生的数目,分布

dna,rna的核苷酸的合成与氨基酸相关:丙氨酸,一碳单位,天冬氨酸,谷氨酰胺

转变成富含β-折叠的prp,水溶性变差容易聚集形成淀粉状纤维沉淀在脑组织,造成损伤。这是通过改变一定性质的改变的概率来在多层次的变化,最终在一定层次表达出本征的性质

结合基团是结构性的模式,催化性是矩阵的选择性表达的引导,可变的,同时这也是基于基本的原理。这种层次的耦合或者叠套是高维的结构,不同层次的投影就是一定的选择性表达

循环是网络式的选择性表达,其连接是概率性的,但概率的组合使得其本征是我们可以理络是一个很大的概率库,其表达不仅包括顺序的生成,一些顺序出了问题的表达其实是一种积蓄,如同扑救途径。可逆反应和不可逆反应必然同时存在,其有一定的分布,需要一定的不可逆反应作为方向的导向,这是模式的涌现。而且不可逆反应也有相对应的反方向的不可逆反应,这则是层次的耦合,如

转运使得同一物质可以耦合于其他层次,如肌肉的乳酸通过血液到达肝合成葡萄糖再转运回肌肉,这是一个耦合,需要不断的补充

需要系统的稳态,即维持一些物质的浓度,如血糖,这是网络的本征,可以通过各种途径合成(大概率)

电子的传递有能量的生成,通过耦合使得循环的势能释放

疾病的基本结构,可以扩散为矩阵,因果—相关

正交实验的最终效应是本征值,我们通过其的极差或其他比例

知识图谱,不同主体的连接(相对独立),可以分解为不同亚层的运算(改变概率)

必需氨基酸是个体与外界的联系,这是一种耦合,需要转运来耦合。同时有势差的存在,其有个限度,但不同氨基酸的组合可以起到互补的作用,即搭配

生命起源:基本分子的形成(米勒的放电实验)--特定的化学反应耦合(络形成),

历史即现在的写照,都是网络的选择性表达。本质上这是一个迭代的过程,即贝叶斯网络。

基础知识是选择性表达的坍缩路径,即本征。根据本征所扩散得出的网络的组合,得出其新的本征的过程就是一个贝叶斯网络的过程

蛋白质是基础,其一阶的序列的无限组合的概率可以坍缩为二阶的模块(如a螺旋,b折叠等等)和三维的空间结构(比较稳定的群的排列),还有各种各样的相互作用。不同层次有其不同的本征值,蛋白质相互作用网络是各种层次组合幸存的结构,且还在不断地变化,其实质是分布函数的耦合

dna,rna是如同概率网络的结构,因而可以调节蛋白质的表达,这也是层次的耦合

酶是高层次的概念,是一种导向性的概率坍缩,自由能的升高是概率的提高,然后降低是比较确定的路径

各种代谢是一定的组合模式,也有一定的共同通路tac

酶的存在本身是一种过渡态,这是一种引导,使得概率在组合后的坍缩方式遵循一定的模式

平衡时正负反应速度相等,因而有平衡常数k,是浓度的幂积之比,这是高维度的层次。

平衡浓度是多层次的需求达成的本征,如血糖浓度,是统计的结果,如同热力学的玻尔兹曼分布

dna层次更强调序列携带的信息,基因表达和蛋白质合成是耦合的网络:基因是30亿碱基对的本征涌现—元件是基因或非编码区域的本征涌现—c/g的富集是元件的本征涌现

分布函数,幂律分布;划分的颗粒度越小,耦合的程度越大

调节:关键酶是中心节点,决定整体的本征即方向和速度;酶的数目和活性,通过基因的,rna的表达(基因是内部的,环境是外部的修饰);酶的别构调节则是网络的调节,使得酶受多调节通路的调节;多路径的同时调节

其大无内,其小无外。其结构是耦合的,即层次之间是高维的拓扑结构。

要整体把握,就必需牺牲细节。就当道是一个波函数,只能整体把握(写出函数式),但具体的观测是局部的塌缩,此时的把握就不完全。

阴阳五行等等元素是网络的基本单位的假设,根据不同层次的遍历一直堆积成为高维结构即网络。网络的低维结构—序列的运算就是量子化的,即相对固定。阴阳其本质上是相对产生的概念

自然是一个网络的框架,我们的解读是一种选择性表达,即波函数的观测和塌缩

网络的共通性,视为一个公约数。

五行生克就是一种序列的处理,什么君臣佐使,刑冲生害合等等关系都是序列的匹配(理想情况是互补,相似则是次优,再次是不匹配)

体系的构建:整体的比较稳定的本征和局部比较变化的现状(一种对比,划分)

运动的本质:多层次的耦合,即矩阵本征的运算是混沌的

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