瓦雷斯世界物种繁杂，分类方式也相当复杂。
所有物种都归属于两个平行的“总域”，其一是“自然生物总域”，其二是“超自然生物总域”。
在这两个“总域”的内部，各个类别从大到小，基本上是垂直排列。
比如“自然生物总域”，下属的类别是“域”，包括“细菌域”，“古菌域”，以及绝大多数现存自然生物所属的“真核域”。
“域”之下的类别是“界”，比如“动物界”，“植物界”，“真菌界”等等。
再往下，就是“门”、“纲”、“目”、“科”、“属”、“种”，以及各自对应的亚分类。
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