全馆设有采访部、编目部、期刊部、流通阅览部、信息咨询部、自动化部、自动化研究开发部、古籍特藏部、视听资料室、文献服务部、总务科、保安部、馆长办公室等业务及行政部门。
北京大学图书馆是在国内外享有盛誉的大型综合性图书馆，现为国际图书馆协会联合会（馆协会和中国科技情报学会的机构会员。北京大学图书馆为北京大学的教学和科研发挥了重要作用，为中国图书情报事业的发展作出了应有的贡献，并建立了广泛的国际联系，与国外500多个图书馆、学校、研究机构保持着固定的资料交换和馆际互借关系。
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